Jednostki naukowe

1. 1. Zakład Agroekologii i Ekonomiki (NAE)
   2. Zakład Biogospodarki i Agrometeorologii (NBA)
   3. Zakład Biotechnologii i Hodowli Roślin (NBH)
   4. Zakład Fitochemii (NFC)
   5. Zakład Geomatyki (NGE)
   6. Zakład Gleboznawstwa i Analiz Środowiskowych (NGŚ)
   7. Zakład Herbologii (NHR)
   8. Zakład Mikrobiologii (NMI)
   9. Zakład Nawożenia i Zarządzania Składnikami Pokarmowymi (NNP)
   10. Zakład Uprawy Roślin i Jakości Plonu (NUR)

Działy obsługi

1. Archiwum Zakładowe (AZ)
2. Dział Finansowo – Księgowy (DFK)
3. Dział Komunikacji Nauki (DKN)
4. Dział Wspomagania Badań (DWB)
5. Dział Zamówień Publicznych w Puławach (DZP)
6. Główne Laboratorium Analiz Chemicznych (GLACH)
7. Ośrodek Sieci Komputerowej PULMAN w Puławach (OSK)
8. Sekretariat Dyrekcji (SD)
9. Dział Kadr i Płac (DKP)
10. Sekretariat Naukowy (SN)
11. Dział Administracyjno-Gospodarczy (DAG)
12. Dział Inwestycyjno – Remontowy (DIR)
13. Stanowiska samodzielne
14. Centrum Uprawy Roślin Leczniczych

Rolnicze Zakłady Doświadczalne (RZD)

1. RZD Baborówko
2. RZD Błonie-Topola
3. RZD Borusowa
4. RZD Grabów
5. RZD Kępa-Puławy
6. RZD „JASTKÓW” Spółka z o.o. 
7. RZD Werbkowice
8. RZD Wielichowo
9. RZD Wierzbno
10. RZD Żelisławki